La Coupe de France est la seule compétition nationale à n'avoir jamais été interrompue. En effet, le palmarès du championnat affiche des années de trous à cause de la Seconde Guerre Mondiale, la compétition ayant connu des réorganisations de 1940 à 1943 en zones Nord et Sud, ou même occupée, libre et interdite. Seul Lens-Artois, en 1944, appose son nom sur un championnat réunifié, la saison suivante ayant à nouveau été jouée en deux poules avant de reprendre de manière traditionnelle en 1946. Mais la Coupe, elle, peut donc proposer un palmarès complet. Bien sûr, tout n'a pas été si simple.

Pour la première édition perturbée, en 1939-1940, le trophée est rebaptisé Coupe Charles-Simon, en l'honneur du secrétaire général du Comité Français Interfédéral (CFI) mort au front en 1915, lors de la Première Guerre - c'est déjà en sa mémoire, et dans un but d'unité nationale durant le conflit, que la Coupe avait été créée en 1917. En 1939, seuls quelques clubs amateurs sont engagés, la très grande majorité des joueurs, dont les professionnels, étant réquisitionnée pour le combat. Le RC Paris domine l'OM en finale, au Parc des Princes.

Lors de l'édition suivante, en 1940-1941, l'organisation devient fatalement plus compliquée, comme pour le championnat. Chaque zone (occupée, interdite et non occupée) organise sa Coupe et envoie une équipe victorieuse. Bordeaux sort vainqueur, face à Toulouse, d'une première pré-finale des zones occupée contre non occupée, avant de dominer Fives pour le titre. En 1942, c'est la zone non occupée, devenue libre, qui évite un match supplémentaire, ce qui n'empêche pas le Red Star de s'imposer face à Sète (à Colombes). En 1943, Marseille a dû rejouer sa finale pour dominer Bordeaux. Puis le colonel Pascot nationalise le football et la Coupe de France, à l'occasion de son épisode 1943-1944, retrouve sa formule d'origine.