وكان ناغاتومو الذي أتمّ عامه 35 اليوم الأحد بدأ مسيرته الاحترافية في صفوف طوكيو إف.سي في 2007 قبل أن يلعب بعد ذلك في إيطاليا وتركيا وفرنسا.  

وخلال فترته الأولى أمضى ناغاتومو ثلاثة أعوام ونصف مع طوكيو قبل أن يمضي سبعة مواسم في إيطاليا حيث شارك في 170 مباراة في الدوري الأول ثم انتقل إلى غلطة سراي التركي في 2018.  

وفي الموسم الماضي لعب ناغاتومو مع مرسيليا الفرنسي لكنه لم يرتبط بأي فريق منذ انتهاء عقده في أخر الموسم الماضي.  

وشارك ناغاتومو في 127 مباراة دولية مع المنتخب الياباني منذ ظهوره الأول مع الفريق في 2008 وكان ضمن التشكيلة الفائزة بكأس سيا في 2011.