Les poules du Challenge européen ont été tirées au sort à Lausanne. C'est l'ancien international français Dimitri Yachvili qui était convié pour procéder à ce tirage, accompagné d'Austin Healey, ex-joueur du XV de la Rose. 

Clermont et La Rochelle seront les deux seules équipes françaises à ne pas se confronter à une autre équipe du Top 14. Cependant, elles devront se déplacer relativement loin: l'ASM jouera face aux Roumains de Timisoara, et La Rochelle ira affronter les Russes du Esinei-STM à Krasnoïarsk, en Sibérie. Les Clermontois feront également face aux Dragons et à Northampton, tandis que les Rochelais rencontreront Bristol et les Zebre. 

La Section Paloise et le Stade Français se retrouvent dans le même groupe, accompagnés de Worcester et des Ospreys. C'est également le cas pour Bordeaux-Bègles et Perpignan, qui auront eux affaire aux Sharks de Sale. De leur côté, Agen et Grenoble défieront les Italiens du Benetton Rugby ainsi que les Harlequins.  Comme la Coupe d'Europe, le Challenge européen aura lieu à partir du week-end du 13 octobre, et la finale se disputera à Newcastle le 10 mai.